Основной задачей экспертного центра является – производство объективных, научно обоснованных судебных/внесудебных экспертиз и исследований, оказание содействия судам, судьям, органам дознания, лицам, производящим дознание, следователям и прокурорам в установлении обстоятельств, подлежащих доказыванию по конкретному делу, посредством разрешения вопросов, требующих специальных знаний в области науки, техники, искусства или ремесла.
Основной целью  ЭКЦ НЭО является защита прав и свобод граждан, а так же интересов государства.